萬福生科的前身為成立于2003年的湖南省桃源縣湘魯萬福有限責任公司。2006年3月，公司更名為湖南湘魯萬福農業開發有限公司。2009年10月，公司整體變更設立萬福生科（湖南）農業開發股份有限公司，注冊資本為5000萬元，法定代表人為龔永福。公司主要從事稻米精深加工系列產品的研發、生產和銷售，主要生產大米淀粉糖、大米蛋白粉、米糠油和食用米等系列產品。萬福生科于2011年7月19日通過證監會發審委審核，并于當年9月27日在深圳證券交易所（以下簡稱深交所）創業板掛牌上市，證券代碼：300268，保薦機構為平安證券有限責任公司（以下簡稱“平安證券”）。截至2013年5月10日，萬福生科股本總數為134000,000股，董事長龔永福與其妻子楊榮華并列為第一大股東，為公司實際控制人。龔永福和其妻楊榮華各持股4019萬股，合計占公司總股本的59.98%。
2012年8月，湖南證監局對上市不滿一年的萬福生科進行例行現場檢查,發現萬福生科存在三套賬本：稅務賬、銀行賬及一套公司管理層查閱的實際收支的業務往來賬，萬福生科造假問題由此浮現。2012年9月，湖南證監局將現場檢查發現的線索上報證監會，證監會決定對萬福生科立案調查。隨后，證監會抽調稽查總隊人員赴湖南常德進行全面調查。在證監會調查期間，2013年3月2日，萬福生科披露了自查公告——《關于重大披露及股票復牌公告》，稱公司經過自查，2008年至2011年累計虛增收入7.4億元左右，虛增營業利潤1.8億元左右，虛增凈利潤1.6億元左右，其中2011年虛增營業收入2.8億元，虛增營業利潤6,541.36萬元，虛增歸屬上市公司股東凈利潤5,912.69萬元。2013年4月，證監會對萬福生科的現場調查工作基本結束。
經查，證監會最終認定萬福生科存在以下違法事實：
（1）萬福生科《首次公開發行股票并在創業板上市招股說明書》披露的2008年至2010年財務數據存在虛假記載,公司不符合公開發行股票的條件。萬福生科公告的《首次公開發行股票并在創業板上市招股說明書》披露,2008年、2009年、2010年的營業收入分別為22,824萬元、32,765萬元、43,359萬元,營業利潤分別為3,265萬元、4,200萬元、5,343萬元,凈利潤分別為2,566萬元、3,956萬元、5,555萬元。萬福生科為了達到公開發行股票并上市條件,由董事長兼總經理決策,并經財務總監覃學軍安排人員執行,2008年至2010年分別虛增銷售收入12,262萬元、14,966萬元、19,074萬元,虛增營業利潤2,851萬元、3,857萬元、4,590萬元。虛增收入、營業利潤比例分別約47%、88%。扣除上述虛增營業利潤后,萬福生科2008年至2010年扣除非經常性損益的凈利潤分別為-332萬元、-71萬元、383萬元。
（2）萬福生科《2011年年度報告》存在虛假記載。萬福生科2012年4月16日公告《2011年年度報告》,披露公司2011年營業收入為55,324萬元。經查,萬福生科2011年虛增銷售收入28,681萬元。
（3）萬福生科未就公司2012年上半年停產事項履行及時報告、公告義務。2012年初,萬福生科下屬糖廠、米廠和油廠停產,其糖品、大米等主營產品生產陷入停頓。對主營業務處于停頓狀態的事實,萬福生科未依法履行及時報告、公告義務。
（4）萬福生科《2012年半年度報告》存在虛假記載和重大遺漏。萬福生科2012年8月23日公告《2012年半年度報告》,披露公司上半年營業收入為26,991萬元。經查,萬福生科2012年上半年虛增銷售收入16,549萬元。同時對于前述公司部分生產線2012年上半年停產的事項,萬福生科也未在《2012年半年度報告》中予以披露,存在重大遺漏。
2013年5月10日，證監會公布了對萬福生科造假案作出的處罰事先告知書。根據《證券法》等相關法律法規的規定，責令萬福生科改正違法行為、給予警告并處以30萬元罰款；對龔永福給予警告并處以30萬元罰款。同時，對嚴平貴等其他19名高管給予警告并處以5萬元至25萬元罰款。此外，對龔永福、覃學軍采取終身證券市場禁入措施。龔永福、覃學軍欺詐發行及虛假記載行為涉嫌犯罪，被移送公安機關追究刑事責任。
萬福生科發行上市過程中保薦機構平安證券、審計機構中磊會計師事務所及湖南博鰲律師事務所等三家中介機構及相關責任人員，因涉嫌未勤勉盡責出具的相關材料存在虛假記載，分別被立案調查。經查，平安證券在推薦萬福生科IPO過程中，未能勤勉盡責地履行法定職責，出具的保薦書存在虛假記載。根據當事人違法行為的事實、性質、情節與社會危害程度，依據《證券法》規定，責令平安證券改正違法行為，給予警告，沒收業務收入2555萬元，并處以5110萬元罰款，暫停保薦業務許可3個月;對時任平安證券萬福生科項目保薦代表人吳文浩和何濤、時任平安證券總經理薛榮年、時任平安證券總經理助理曾年生、時任平安證券投資銀行事業部上海業務負責人崔嶺給予警告，并分別處以30萬元罰款，撤銷證券從業資格;對平安證券萬福生科項目組成員湯德智給予警告，并處以10萬元罰款，撤銷證券從業資格。此外，對中磊會計師事務所沒收業務收入138萬元，并處以2倍的罰款，撤銷其證券服務業務許可；對湖南博鰲律師事務所沒收業務收入70萬元，并處以2倍的罰款，且12個月內不接受其出具的證券發行專項文件。同時，證監會對兩家機構的涉案人員依法進行處罰。
2013年10月22日，證監會向萬福生科下發《行政處罰決定書》[（2013）47號]。